Nước có nổi váng màu vàng là do trong nước có sắt. Trước khi bơm lên, sắt ở dạng hóa trị 2 nên không có màu; nhưng sau 1 thời gian tiếp xúc với không khí, sắt sẽ chuyển sang hóa trị 3, có màu vàng và nổi váng. Mặc dù nước có sắt không gây độc hại nhưng rất xấu về cảm quan.

Để khắc phục tình trạng này, ta có thể xây bể lọc cát phía trên bể chứa nước, cho nước thấm qua lớp cát, qua màng lọc, ngấm xuống dưới và đưa vào đường dẫn tới bể chứa. Nếu hàm lượng sắt đậm đặc, ta có thể cho nước dẫn qua một giàn phun mưa trước khi tới bể lọc cát. Nước chảy qua giàn phun mưa sẽ tăng độ tiếp xúc với không khí và oxy, sẽ giúp tăng hiệu quả xử lý của bể cát.

Nước giếng khoan có mùi hôi của bùn đất có thể là do các túi khí trong đất ở nguồn khoan. Để thoáng khí thì mùi hôi trong nước sẽ bớt đi. Mùi hôi này cũng có thể do nguồn nước ở gần khu vực có chất thải và do vậy có thể có lượng amoni vượt ngưỡng. Nước này chỉ dùng để tắm rửa thì được, nhưng để dùng trong ăn uống thì chỉ được giới hạn ở lưu lượng amoni rất thấp, vì amoni khi gặp không khí sẽ tạo thành NO2 (nitrit) – 1 tạp chất khi kết hợp với các axit amin trong thức ăn sẽ tạo thành một số độc chất.

Để an toàn bà con nên mang mẫu nước đi xét nghiệm. Nếu liều lượng amoni vượt quá ngưỡng cho phép thì nên sử dụng các hệ thống tìm phương pháp xử lý chuyên dụng